A Gödöllői-dombság nem bővelkedik felszíni vizekben, patakjai változó vízjárásúak, általában kis hozamúak, mivel az alattuk lévő földtani rétegek jó áteresztőképességűek. A váci Naszály-hegytől az isaszegi Kálvária-hegyig húzódó Duna-Tisza vízválasztó érinti a Margitát, az Öreg-hegyet, az Antal-hegyet és a Fácánost is. [1] Ettől a vonaltól nyugatra a Dunába, keletre pedig a Tiszába ömlenek a vizek. A vízválasztó két oldalán azonos a vízminőség, ami arra utal, hogy a képződmény nem tektonikai (szerkezeti), hanem morfológiai (felszínformán alapuló). [Golder, 2003. pp. 48.]

A dunai vízgyűjtő terület patakjai a Rákos-patak, a Sződrákosi-patak, a Szilas-patak és a Mogyoródi-patak. A tiszai vízgyűjtő patakjai pedig az Aranyos-patak, a Besnyői-patak, az Egres-patak, a Sósi-patak és a Tápió. (A tanösvény ezek közül a Besnyői- és az Aranyos-patakot érinti.) [G. Merva, 2007. pp.18-19.]

Az Aranyos-patak a Csanak és Kis-Komlós közti völgyben bújik ki, az Egres-patakba torkollik, s a közepén egy egész tóláncot duzzasztottak belőle. A közvetlenül az M3 autópálya mellett található Pap Miska kútjának vize – ami a pálya megépítése következtében (1978) erősen leapadt – az Aranyosba folyik. Ugyanide torkollik a Besnyői-patak is, mely az 1,5 km hosszúságú Besnyői-völgyben halad a Budapest-Miskolc vasútvonal mellett, néhol vizenyős területekkel övezetten. A Gödöllői-dombság területén több kisebb vízfolyást horgászati és mezőgazdasági (öntözés, vízimalom) célokkal tavakká, tórendszerekké duzzasztottak. A tanösvény a Babat-pusztai tórendszert érinti, melyet az 1930-as években hoztak létre. Az utolsó tó (a tanösvényen haladva az első) ma is horgásztó, a többit a babatvölgyi gazdaság használja, leginkább libatenyésztésre, de nyílt víztükörrel már nem rendelkezik mind. A Gödöllői-dombvidék területén több védett láp is található.
 

[1]  A vízválasztó vonulata és Gödöllő környékének természetes vízfolyásai
(Szerkesztette: Csáky Péter és Kerényi Zoltán, 2006.) [G. Merva, 2007.]